При выявлении налоговым органом в ходе камерального контроля декларации по НДС ошибок и (или) противоречий между сведениями, либо несоответствия сведений, представленных налогоплательщиком, сведениям, содержащимся в имеющихся у налогового органа документах, налогоплательщику направляется требование представить в течение пяти дней необходимые пояснения или внести соответствующие исправления (п. 3 ст. 88 НК РФ)
С 01.01.2017 налогоплательщики, представляющие налоговую декларацию по НДС в электронной форме, должны представлять пояснения также в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота по формату, утвержденному приказом ФНС России от 16.12.2016 № ММВ-7-15/682@, который вступил в силу 24.01.2017.
Если налогоплательщик представит пояснения на бумажном носителе, то такие пояснения не будут считаться представленными (абз. 4 п. 3 ст. 88 НК РФ). При этом с 01.01.2017 непредставление (несвоевременное представление) в налоговый орган предусмотренных п. 3 ст. 88 НК РФ пояснений (в случае непредставления в установленный срок уточненной налоговой декларации), влечет взыскание штрафа в размере 5 000 рублей. А повторное аналогичное нарушение в течение календарного года влечет взыскание штрафа в размере уже 20 000 рублей (п. 1 ст. 129.1 НК РФ в ред. Федерального закона от 01.05.2016 № 130-ФЗ).
В ПО «Комита-отчет» при получении Требований о представлении пояснений по декларации НДС, имеющих в составе таблицу расхождений в разделах 8-12, необходимо подготавливать и отправлять документ Ответ на требование о представлении пояснений в составе описи.
Как подготовить пояснения средствами ПП КОМИТА Отчет 14 описано в следующей инструкции
http://support.comita.spb.ru/files/creport/Spb/CourierNET/help/FAQ/index.html?nds_treb.htm